มหาวิหารฯมีพื้นที่ใช้สอย 5,600 ตารางเมตร โครงสร้างอาคารทำจากคอนกรีตผสมพิเศษเสริมเหล็ก รูปทรงของอาคารสร้างเลียนแบบ “ภูเขาทองคำ 6 เหลี่ยม” ของชฎิลเศรษฐีที่มีปรากฏอยู่ในพระไตรปิฎก สูง 29 เมตร ตั้งอยู่ ณ เกาะแก้วกลางน้ำสัณฐานคล้ายรูปใบบัว ด้านหลังพระอุโบสถวัดพระธรรมกาย ภายนอกของอาคารภูเขาทองติดตั้งแผ่นสแตนเลสที่เคลือบอนุภาคทองคำแท้ ภายในมหาวิหารนั้นเป็นห้องโถงโล่งเรียบง่าย สะท้อนถึงบุคลิกและอุปนิสัยของคุณยายอาจารย์ คือรักษาสะอาด ความเป็นระเบียบ และรักการปฏิบัติธรรมอย่างที่สุด โดยใช้สแตนเลสเป็นโครงเคร่า และติดตั้งแผ่นฝ้าพลาสวูด พื้นและผนังของโถงสักการะกรุด้วยแผ่นหิน อัญมณีสีขาวและเขียวอ่อน พื้นที่วิหารส่วนใหญ่จึงใช้เป็นที่ปฏิบัติธรรม สามารถจุคนได้ถึง 300 คน บรรยากาศภายในวิหารจะเงียบสงบ เหมาะแก่การนั่งสมาธิเจริญภาวนา ภายนอกห้องโถงสักการะปูพื้นด้วยหินแกรนิตที่มีเนื้อหินสม่ำเสมอ และหนาเป็นพิเศษ วัสดุโลหะที่ยึดกับโครงสร้างและที่ใช้ในอาคารทำจากสแตนเลส เพื่อความคงทนและสวยงาม ภายในติดตั้งระบบรักษาความปลอดภัยเป็นพิเศษ